Momak iz Vrnjačke Banje, prve korake u srpskom prvoligaškom fudbalu  je načinio u Čukaričkom, za koji je nastupao od omladinaca do 23. godine. Nakon toga, kratko je bio u švedskom Vaslundu, zatim se vratio u Beograd, gde je nosio dres tadašnjeg drugoligaša Rada.

Naredni period je proveo u ambicioznoj Budućnosti iz Banatskog Dvora, kluba joji je 2006. promenio ime u Banat, a Stojaković je organizator igre bio do 2008. godine, kada se preselio na crnogorsko primorje.

Sa Mogrenom iz Budve je naredne godine osvojio titulu, pa je usledio povratak u Srbiju, dve godine je igrao za Javor.

Nakon dve godine u Ivanjici, Stojaković se obreo u makedonskom velikanu Vardaru, kao i prethodna epizoda u Mogrenu, ova je takođe bila uspešna, klub je osvojio titulu prvaka 2012. godine.

U januaru 2013, Stojaković se ponovo pridružio Javoru.